Toàn Viện có 5 chuyên khoa với 13 pḥng thí nghiệm, 1 trung tâm phân tích, 1 trạm quan trắc phân tích môi trường.
• Khoa vệ sinh lao động
- Gồm các pḥng thí nghiệm: Các yếu tố vật lư, các yếu tố hoá học, bụi với các thiết bị đo ồn, rung phóng xạ, điện từ trường, phân tích bụi bằng Quang phổ hồng ngoại chuyển Furie, pḥng cân bụi đạt tiêu chuẩn quốc tế với cân phân tích đạt 10 -6 g, kính hiển vi tương phản pha, các thiết bị lấy mẫu và phân tích thành phần hơi khí độc trong không khí,…
- Nghiên cứu, giám sát, đánh giá môi trường lao động (các yếu tố vật lư, vi khí hậu, hoá học, sinh học). Xây dựng các giải pháp kiểm soát môi trường lao động, cải thiện điều kiện lao động để bảo vệ sức khoẻ con người
• Khoa nghiên cứu bệnh nghề nghiệp
- Gồm: Pḥng khám bệnh nghề nghiệp, pḥng thí nghiệm sinh hoá, pḥng X-quang với các thiết bị xét nghiệm và phân tích hiện đại để chuẩn đoán các bệnh nghề nghiệp,…
- Nghiên cứu các bệnh nghề nghiệp và các bệnh liên quan đến nghề nghiệp ( bênh bụi phổi, bệnh điếc nghề nghiệp,..), phát hiện các bệnh nghề nghệp mới phát sinh trong quá tŕnh lao động, bổ sung danh mục các bệnh nghề nghiệp, xây dựng tiêu chuẩn sức khoẻ người lao động các nghành nghề, xây dựng tiêu chuẩn chẩn đoán, phương pháp điều trị bệnh nghề nghiệp.
• Khoa tâm lư lao động và Ecgonomi
- Các pḥng thí nghiệm: Sinh lư lao động, tâm lư lao động, Ecgonomi với các hệ thống Holter ghi điện tim 24h MSC-8800 Medical Systems (Mỹ),…
- Nghiên cứu các biến đổi tâm sinh lư, các stress trong lao động;đánh giá các gánh nặng lao động, trong lao động, xây dựng các giới hạn cho phép về tâm sinh lư trong lao động. Nghiên cứu mối quan hệ giữa người và vị trí lao động, các giải pháp ecgonomi,..
• Khoa sức khoẻ trường học
- Được trang bị: Thiết bị sinh hiển vi khám mắt, máy đo khúc xạ tự động, máy đo cong vẹo cột sống,..
- Nghiên cứu về các yếu tố môi trường, điều kiện học tập, đặc điểm tâm sinh lư học sinh, các vấn đề về sức khoẻ và các bệnh liên quan đến điều kiện học tập và các giải pháp can thiệp.
• Khoa vệ sinh môi trường
- Các pḥng thí nghiệm: Kỹ thuật môi trường, sức khoẻ cộng đồng, hoá lư nước, vi sinh với các thiết bị hiện đại,…
- Nghiên cứu xây dựng các tiêu chuẩn về môi trường, các kỹ thuật thanh tra vệ sinh môi trường.
- Nghiên cứu sức khoẻ cộng đồng, ô nhiễm đất,..
• Trung tâm phân tích
- Phân tích và phối hợp với các pḥng thí nghiệm xây dựng các phương pháp phân tích siêu nhạy để đánh giá chính xác t́nh trạng ô nhiễm môi trường, nguồn nước cũng như để phục vụ công tác chẩn đoán bệnh nghề nghiệp.